Z każdą chwilą sytuacją wyglądała coraz mniej różowo. Wciąż nie wiedziałem, jak pokonać Marduka a rozłam między bogami jeszcze się pogłębił. – Eldred
Persefona[]
Po ataku na Golgotę, w której wyniku doszło do zniszczenia Czarciej Bramy, wciąż zostajesz głęboko w trzewiach Stygii, królestwie Charnela. Persefona wysyła cię do Dys w celu dania Charnelowi ostatniej szansy do zaprzestania jego ataków i zawarcia sojuszu z Persefoną przeciwko Mardukowi.
James[]
W związku ze zniszczeniem Dynama Pyrodraulicznego, Pyro ubliża Jamesowi i jego sojusznikom, prowokując ich: "Zniszczę was!". Jednakże, James w końcu zdecydował przejść na ofensywę, dochodząc przy tym do wniosku, że to jedyna droga, by pozbawić Pyro sił. Wyruszasz do Helios, aby zgładzić czempionów boga ognia.
Stratos[]
Podczas wojny, Stratos był odpowiedzialny za obronę terytoriów Persefony i Jamesa. W konsekwencji, coraz więcej i więcej terytoriów pozostawało w rękach boga niebios. Stratos począł wierzyć, że Persefona i James są słabi, przez co wprowadza cię w jego sekretny plan. Potrzebuje cię do przeprowadzenia ataku na twierdzę w Arborei. James prawie dowiaduje się o tym planie. Stratos jednak zapewnia boga ziemi, że chodzi o "przegląd strategii obronnych".
Pyro[]
Zawsze arogancki Pyro oświadcza, że żaden wróg nie może się z nim równać i zleca ci wykończenie Jamesa. Czy to ze względu na niepowodzony atak Charlotte i Grakkusa na Hałdię, czy może ze względu na twoją zdradę Jamesa, defensywa boga ziemi pozostaje w chaosie, dając ci tym samym szansę na atak Agothery, główną wyspę Jamesa, bez żadnych sprzeciwów.
Charnel[]
Wraz z porażką Yogo w Golgocie i zdradą Stratosa, dwoje konspiratorów dyskutuje o swych planach na przyszłość. Oboje decydują się na atak na swoich sojuszników, którzy nie wiedzą jeszcze o ich zdradzie. Bóg niebios zauważając jak wielką kontrolę ma nad ziemiami Persefony, postanawia przeprowadzić cichy atak na Arboreę. Charnel decyduje się na atak na Pyroboreę. Obawia się, że Pyro wraz ze swą sekretną artylerią go przyćmi. Zwłaszcza przez Dynamo Pyrodrauliczne. Dlatego też zauważa, że to dobry argument by zawrzeć sojusz z Jamesem, zwłaszcza dlatego, że jego geomantka, Charlotte jest uwięziona w Hałdii.
| Misje w Sacrifice | |||||||||
| Misje | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 |
| Persefona | PE-1 | PE-2 | PE-3 | PE-4 | PE-5 | PE-6 | PE-7 | PE-8 | PE-9 |
| James | JA-1 | JA-2 | JA-3 | JA-4 | JA-5 | JA-6 | JA-7 | JA-8 | JA-9 |
| Stratos | ST-1 | ST-2 | ST-3 | ST-4 | ST-5 | ST-6 | ST-7 | ST-8 | ST-9 |
| Pyro | PY-1 | PY-2 | PY-3 | PY-4 | PY-5 | PY-6 | PY-7 | PY-8 | PY-9 |
| Charnel | CH-1 | CH-2 | CH-3 | CH-4 | CH-5 | CH-6 | CH-7 | CH-8 | CH-9 |
| Intermisje | IM-1 | IM-2 | IM-3 | IM-4 | IM-5 | IM-6 | IM-7 | IM-8 | IM-9 |
| Inne | Prolog | Historia Włóczęgi | Wytchnienie | Rozdział ostatni – Tygiel | ||||||||